Когда при дворе поползли слухи, что Агриппина пытается отстранить сына от власти и передать её Гаю Рубеллию Плавту, сыну Юлии Ливии, Нерон решает убить Агриппину.
Он пытался отравить её трижды, подсылал вольноотпущенника заколоть её и даже пытался обрушить потолок и стены её комнаты, пока она спала. Однако она счастливо избегала смерти. В марте 59 года, в Байях, Нерон предложил ей совершить поездку на корабле, который должен был разрушиться в пути. Однако Агриппине чуть ли не единственной удалось спастись и вплавь достигнуть берега. В гневе Нерон приказал убить её уже открыто.
Агриппина, увидев солдат, поняла свою участь и попросила заколоть её в живот, туда, где находится чрево, тем самым давая понять, что раскаивается в том, что родила на свет такого сына.
Ходили легенды, что задолго до того, как Нерон стал императором, Агриппине нагадали, что сын её будет царствовать, но при этом умертвит свою мать, на что её ответ был: «Пусть умерщвляет, лишь бы царствовал».